Dentro del conjunto de creencias en Cañada de la Virgen, una parte fundamental era la observación del cielo, el conocimiento de los cuerpos celestes y sus diferentes ciclos. Se ha podido constatar que ciertas posiciones celestes se relacionan con los ciclos que marcan los tiempos para las actividades económicas, como la agrícola, y para la realización de ceremonias, como el posible culto a los ancestros.

Asimismo, se ha dado cuenta de orientaciones y alineamientos respecto a los edificios, cuerpos constructivos y elementos del paisaje, como cimas de cerros y montañas. Los principales fenómenos astronómicos observados se han registrado desde la cima del basamento piramidal, el pórtico de acceso y el interior del patio hundido. Las investigaciones se han enfocado en el estudio del Sol, la Luna y el planeta Venus.

Una fecha a destacar es el 25 de agosto, cuando el Sol se orienta con el eje de simetría. Esta línea imaginaria divide en dos mitades semejantes a los principales elementos arquitectónicos y, en particular, al Complejo A. La otra fecha importante corresponde al solsticio de invierno, que se registra desde el pórtico del patio hundido de dicho complejo. En este caso, el Sol se oculta en la base norte del segundo cuerpo del basamento piramidal.