La obra más representativa del Museo Nacional del Virreinato —antigua sede del colegio jesuita de Tepotzotlán— es el templo de San Francisco Javier y sus capillas anexas: la Casa de Loreto, el Camarín de la Virgen y el Relicario de San José.

El templo data de 1682 y fue costeado por el padre Pedro Medina Picazo y su familia, pero a mediados del siglo XVIII el interior y la fachada fueron renovados. Los retablos del presbiterio y del crucero fueron diseñados y realizados por Miguel Cabrera e Higinio de Chávez, bajo la supervisión del padre Pedro Reales, rector del colegio. La pintura mural de las bóvedas del presbiterio, así como los lienzos de la sacristía, sotocoro y coro fueron ejecutadas por Cabrera, mientras que la fachada se concluyó en 1762 y estuvo a cargo del arquitecto Ildefonso Iniesta Bejarano.

Los retablos, tallados en madera de cedro y dorados con hoja de oro, están dedicados a san Francisco Javier —santo protector del templo—, san Francisco de Borja, san Estanislao de Kostka, san Ignacio de Loyola, la Virgen de Guadalupe, san José, la Virgen de la Luz, la preciosa sangre de Cristo y el patrocinio de la Virgen.

La primera Casa de Loreto —copia fiel de la original de Loreto, Italia— fue construida en 1679 por encargo del padre Juan Bautista Zappa. La idea era reproducir la casa de Nazaret, espacio donde había transcurrido la anunciación de san Gabriel a la Virgen María. En 1733 se estrenó la Casa de Loreto que actualmente se conserva y el Camarín de la Virgen, que fueron costeados por Manuel Tomás de la Canal.

Por último, el Relicario de San José fue dedicado en 1738 y recibió este nombre porque resguardaba un fragmento atribuido a la túnica del santo. Su interior está decorado con estuco y lienzos firmados por José de Ibarra y Francisco Martínez. El piso de este conjunto de capillas está cubierto por mosaicos de talavera.