Este asentamiento de carácter ceremonial tiene origen hñahñu (otomí) y fue ocupado entre los años 540 y 1050 d.C. (periodo Epiclásico). Los antiguos habitantes lo construyeron a partir de la contemplación de la ruta del Sol, de tal manera que sus templos presentan una alineación simétrica con los astros, característica que hace a esta ciudad única entre los centros ceremoniales mesoamericanos.

Cañada de la Virgen se ubica en la cuenca del río Laja, un lugar rodeado por cerros. El sitio está conformado por cinco complejos monumentales distribuidos en una superficie de 16 hectáreas. En los edificios hay un eje de simetría dirigido a los amaneceres del 17 de abril y el 25 de agosto, así como a los atardeceres del 4 de marzo y el 9 de octubre.

El eje de simetría del complejo A responde a una orientación acimutal (ángulo que con el meridiano forma el círculo vertical que pasa por un punto de la esfera celeste o del globo terráqueo) de 80 grados astronómicos. Por su parte, en el solsticio de invierno se observa cómo el Sol se oculta tras el basamento piramidal del complejo B.

Asimismo, se considera que el ciclo lunar jugó un papel importante en el diseño de los cuerpos constructivos del basamento piramidal del complejo A. En éste se encuentra el Templo Rojo, donde se localizó el entierro 13, también conocido como El Jerarca, por tratarse presumiblemente del ancestro original del linaje gobernante en Cañada de la Virgen. Los controvertidos análisis de carbono situaron a este personaje en un evento de inhumación directa acaecido entre los años 640 y 720 d.C.

Hasta el momento se han localizado 19 entierros, acompañados de sus correspondientes ofrendas en vasijas cerámicas de los tipos regionales, como blanco levantado y rojo sobre bayo (blanco amarillento). La colección cerámica consta de 248 piezas restauradas en más de 70 por ciento. Dentro de la zona se tienen también bajo resguardo otras tres colecciones reintegradas al patrimonio: la Mary Gastón, la Arnulfo López y la histórica de Miguel Malo, que consta de aproximadamente 1,400 piezas.