La zona arqueológica de Xpuhil está ubicada en el sur del estado de Campeche, dentro de la región conocida como Río Bec. Si bien la evidencia ocupacional durante los periodos Formativo (300 a.C.) y Clásico Temprano es mínima, la arquitectura monumental más temprana se relaciona con la tradición Petén y está representada en las subestructuras abovedadas del grupo XX. La filiación con las tradiciones del Petén también se manifiesta en las cerámicas identificadas en el antiguo asentamiento.

El sitio alcanzó su máximo desarrollo hacia finales del periodo Clásico; son las etapas constructivas más tardías y ostentan características del estilo Río Bec. De hecho, la gran mayoría de los materiales cerámicos pueden fecharse en el Clásico Tardío. Existe la hipótesis de que para este tiempo Xpuhil fungía como un subcentro administrativo con cabecera en la ciudad de Becán, a través de cuyo control interactuaba con otras comunidades de la misma zona, así como con regiones circunvecinas.

Cabe señalar que el área del sitio prehispánico que se encuentra abierta al público, y bajo custodia del INAH, es tan sólo un conjunto arquitectónico conocido como Grupo I, el cual está constituido por algunos de los tantos inmuebles que forman parte de la zona arqueológica. De hecho, a la fecha se han reportado alrededor de 25 grupos arquitectónicos.

El conjunto I de Xpuhil está compuesto por varios edificios de tamaño más o menos pequeño, a excepción de la estructura I-1, denominada también edificio de las Tres Torres. El grupo es de distribución lineal, ya que todos los edificios monumentales se encuentran localizados sobre una recta que corre de oriente a poniente.

El Grupo II se extiende hacia el sur del primero, fuera de la zona urbana, y es más conocido por la estructura principal denominada Los Pájaros; se piensa que fue posiblemente un templo y tiene una crestería calada con mascarones que conserva en relativo buen estado. Cronológicamente se remonta a las fases Bejuco y Chintok del periodo Clásico Tardío.

Muchos de los demás grupos se distribuyen al interior y en el perímetro de la actual cabecera municipal de Calakmul. Tal es el caso del Grupo III, donde hallamos una decena de estructuras, siete de las cuales delimitan dos plazas, una de ellas cerrada y la otra abierta por el sector sur. De acuerdo con la evidencia registrada data del Clásico Tardío y en la actualidad se han intervenido los inmuebles de la plaza sur.

El grupo XX, también conocido como Kitam, está situado al interior de la mancha urbana y consta de un basamento masivo sobre el que se desplantan ocho inmuebles distribuidos en torno a tres patios, siendo el patio central el de mayor tamaño y el que concentra los edificios principales. Asociados al basamento encontramos otros inmuebles, tanto grandes como pequeños, e inclusive terrazas sobre el terreno colindante y depósitos de agua. La nomenclatura de las estructuras precolombinas tienen nombres de árboles y plantas de la región, por ejemplo Huayas, Chintok, Chacá, Amapolas, Ramones y Zapotes, pero también reciben el nombre del elemento artificial que las caracteriza; así tenemos Metates y Calzada.

La existencia de Xpuhil fue reportada durante la década de 1930 por los investigadores norteamericanos Karl Ruppert y John Denison, de la Institución Carnegie de Washington, quienes publicaron los resultados de sus estudios en 1943. Posteriormente, diversas investigaciones importantes se han llevado a cabo en el sitio por autores como David Potter (1969-1971), Agustín Peña y Abel Morales (1977), Román Piña Chan y Guadalupe Landa (1983-1984), Paul Gendrop (1981-1983), George Andrews (1987-1988), Ricardo Bueno y Ángeles Cantero (1992-1995), y Vicente Suárez (2013 a la fecha), entre otros.