Maestro en Ciencias Antropológicas con especialidad en Arqueología por la Escuela Nacional de Antropología e Historia y la Universidad Nacional Autónoma de México. Ha ocupado diversos cargos dentro del Instituto Nacional de Antropología e Historia: Director de Monumentos Prehispánicos; Director de la Escuela Nacional de Antropología e Historia y Presidente del Consejo de Arqueología. También ha sido Director del Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social y Director del Museo Nacional de Antropología y Director del Museo del Templo Mayor. Sus principales trabajos arqueológicos se desarrollaron en Comalcalco, Tepeapulco, Bonampak, Cholula, Coacalco y Tlatelolco. Coordinó los proyectos Tula —en los setenta— y Teotihuacan —en los noventa. Desde 1978 dirige el Proyecto Templo Mayor y en el año 2001 dejó la dirección del Museo del Templo Mayor al ser nombrado Profesor Investigador Emérito, máxima distinción otorgada por el INAH. Es miembro del Seminario de Cultura Mexicana, de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística, de la Sociedad de Antropólogos del Caribe, de la Asociación de Escritores de México, de la Academia Mexicana de la Historia y de El Colegio Nacional, entre otras instituciones.
Ha recibido numerosas distinciones entre las que destacan: Chevalier dans l’Ordre des Palmes Académiques, Ministère des Universités, Republique Française; Chevalier de l’Ordre National du Mérite, Republique Française; Officier de l’Ordre des Arts et des Lettres, Ministre de la Culture, Republique Française; Socium ab Epistolis, Institutum Archaeologicum Germanicum; Orden Andrés Bello, otorgada por la República de Venezuela; Doctor of Sciences Honoris Causa, University of Colorado; Medalla Benito Juárez, por la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística; Miembro Honorario del Archaeological Institute of America; Profesor de Investigación Científica Emérito del INAH, y Medalla Henry B. Nicholson, por la Harvard University. Ha impartido más de 500 conferencias tanto en México como en el extranjero.
En 2007 fue galardonado con el Premio Nacional de Ciencias y Artes en el campo de la Historia, Ciencias Sociales y Filosofía, por su trabajo en Tula, Teotihuacan y el Templo Mayor; en 2008 fue distinguido como Miembro Emérito de la Sociedad de Arte Funerario, en el recinto del mural “Sueño de una tarde de domingo en la Alameda”, de Diego Rivera, y la Fundación México Unido en sus Valores Culturales le concedió el Premio Fundación México Unido a la Excelencia de lo Nuestro. En 2009, la Universidad de Londres lo distinguió como Honorary Professor en el UCL Institute of Archaeology. En 2010 la Universidad Juárez Autónoma de Tabasco le otorgó el Premio Nacional Malinalli por su comprensión y difusión de la cosmovisión mexica; ese mismo año fue nombrado por unanimidad Vicepresidente del Seminario de Cultura Mexicana. Desde 2015 es miembro de la Academia Mexicana de la Lengua y desde 1993 ingresó en El Colegio Nacional.
Los libros más destacados de Eduardo Matos Moctezuma son: Muerte a filo de obsidiana; Vida y Muerte en el Templo Mayor; Teotihuacan, la metrópoli de los dioses; Los aztecas; El Templo Mayor de Tenochtitlan; Las piedras negadas: de la Coatlicue al Templo Mayor, y Estudios Mexicas, volumen 1, tomos 1-5 editados por El Colegio Nacional, entre muchas otras, pues sus publicaciones superan las cuatrocientas sesenta fichas bibliográficas.
Ha sido curador de varias exposiciones, entre las que destacan “Dioses del México Antiguo” y “Descubridores del pasado en Mesoamérica”, en el Antiguo Colegio de San Ildefonso; “Aztecs” para la Royal Academy of Arts, de Londres, e “Isis y Quetzalcóatl” en el marco del Forum de las Culturas en Monterrey, Nuevo León, entre otras.