Las primeras referencias al área de lxtlán del Río (Los Toriles) son las de cronistas y frailes. Éstas, en conjunto, proporcionan un bosquejo del modo de vida de la región y la ubicación de algunos asentamientos prehispánicos. Según los materiales y la información obtenida, el desarrollo del sitio comenzó en el periodo Clásico, quizás en el año 400, y continuó durante el Posclásico, hasta la llegada de los españoles, cuando se asentaron grupos locales o con influencia y relación con otras áreas culturales, como el centro y norte de México en sus diversas etapas.

Esta zona arqueológica fue nuevamente registrada en 1946 por el arqueólogo y antropólogo José Corona Núñez, por lo que recibe el nombre de Los Toriles de Ixtlán del Río, por lo que popularmente la gente conoce como “toril” o “ruedo”, precisamente por la semejanza que guarda con el Templo dedicado a Ehécatl-Quetzalcóatl, de base circular. La zona tiene una extensión de más de 80 hectáreas, fue una ciudad de constante crecimiento y sus habitantes concedieron enorme importancia a sus edificaciones, las que, a través del tiempo, ampliaron o modificaron. Asimismo, aplicaron una traza organizada con escalinatas, accesos restringidos, espacios abiertos, altares, banquetas, desagües, calzadas, barrios y palacios en toda la ciudad, la cual tuvo su época de mayor auge de 700 a 1200.

Entre los años 300 a.C. y 600 floreció en la zona un complejo cultural conocido como tradición Tumbas de Tiro. Una de sus notas características es la arquitectura subterránea funeraria, que llega a ser muy variada: tiros verticales, cónicos, de cuello de botella, de 1.5 m y hasta 16 m de profundidad, al final de los cuales hay una o varias cámaras mortuorias interconectadas; también es propia de la Tradición Tumbas de Tiro una cerámica colorida, aunque de forma un poco menos cuidada. A esa tradición sucedió, entre el 750 y el 1100, la de Aztatlán, que utilizó columnas, pórticos, amplios espacios abiertos, patios interiores, altares centrales, calzadas, piedras adosadas a los muros de los templos y grabadas, lo mismo que escalinatas y drenajes; igualmente se da a notar esta tradición por su manufactura de obsidiana con múltiples instrumentos de trabajo, por una cerámica lisa y roja, de uso doméstico, y por el paulatino abandono del centro ceremonial.

En 1904, el antropólogo francés León Diguet y el etnógrafo noruego Carl Lumholtz se dieron a la tarea de estudiar el sitio y su templo circular, lo mismo que las tumbas de tiro de Ahuacatlán e Ixtlán y los petroglifos de El Tambor. Esas publicaciones, complementadas con fotografías, desataron el saqueo de piezas arqueológicas de la región, que se extendió hasta 1970. En 1945, el antropólogo estadounidense Edward W. Gifford registró 16 sitios arqueológicos, la mayoría en el valle de Ahuacatlán y San José de Gracia, entre ellos Ixtlán del Río (Los Toriles); a él se debe la primera clasificación de la cerámica del área.

José Corona Núñez, entre 1947 y 1949, emprendió y llevó a buen término las exploraciones y rescate del Templo de Ehécatl-Quetzalcóatl. En sus informes empieza por dar cuenta del grave daño que sobre el monumento perpetró el cura párroco de Ixtlán, poco antes de 1904 —quien discurrió hacerle un corte al edificio por el centro—, y otro grave perjuicio consumado por un destacamento de soldados federales en una de las escalinatas en 1945, por órdenes de su general. Durante siete temporadas, entre 1961 y 1967, el arqueólogo Eduardo Contreras concluyó el rescate y restauración del Palacio de los Relieves, el Altar Central y el Palacio de las Columnas. Luego de casi 20 años de inactividad, en 1988-1989 el arqueólogo Raúl Arana restauró el conjunto intermedio de plazas y altares conocido como Sección B, donde se encuentran el Recinto Adoratorio, el Palacio de las Columnas Superpuestas, el Cuadro del Hechicero y el Palacio de los Fogones.