El Museo, las Salas de exposición y las oficinas Centro INAH Durango, se encuentran en el interior del complejo arquitectónico que actualmente se le conoce como Conjunto Cultural Durango, al igual que el Instituto de Cultura del Estado de Durango (ICED), el Museo de la Revolución y de los Hermanos Arrieta, la Pinacoteca de Arte Sacro y el Museo del Cine Rafael Trujillo dependientes del Gobierno del Estado.

El inicio de la construcción del Conjunto Cultural Durango fue en 1899, fue pensada para albergar el hospital Durango, pero la crisis presidencial y el inicio de la Revolución Mexicana impidieron la conclusión de las obras por falta de presupuesto. La obra inconclusa se convirtió en cuartel de la infantería y la caballería hasta 1916, año en el que sus ambientes se transformaron en las aulas de una escuela. Posteriormente, en 1938, el Estado creó un internado para los niños de escasos recursos económicos (internado Juana Villalobos).

Durante el gobierno de Maximiliano Silerio Esparza, la monumental infraestructura se convertiría en el Conjunto Cultural Durango y, partir del 6 de mayo de 1999, en el Instituto de Cultura del Estado de Durango, denominación que hasta hoy mantiene. El estilo arquitectónico del conjunto es considerado neoclásico resaltando las columnas de su arquería, está formado por 19 edificios, 16 de los cuales son parte del proyecto original, los restantes fueron levantados en el siglo XX. Su extensión total es de 62,000 metros cuadrados, con un área construida de 8,770 metros cuadrados. El Instituto Cultural del Estado de Durango fue declarado Monumento Histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia en el año 1982. El Centro INAH Durango cuenta con dos salas: La primera se trata de una exposición permanente, que exhibe una colección importante de la cultura chalchihuites. En la segunda se organizan exposiciones temporales encaminadas a difundir a la población de la ciudad de Durango diversos aspectos de la historia y de las culturas del Norte del país.