Este recinto atesora buen número de piezas prehispánicas que nos hablan del desarrollo de las comunidades mayas antes del arribo de europeos al continente. Está integrado por 10 salas que contienen información actualizada sobre Campeche en el mundo maya y éste, a su vez, en el contexto mesoamericano (Sala 1). La riqueza florística, faunística y mineralógica peninsular que sabiamente aprovecharon los mayas antiguos es presentada en la segunda sala. Más adelante, el visitante conoce el desarrollo de las aldeas a las ciudades, con información de las técnicas constructivas y los estilos arquitectónicos a través del tiempo (Sala 3).
Otro espacio está dedicado al ciclo de la vida, ilustrado con figurillas de Jaina y restos óseos que nos hablan del tipo físico y las modificaciones corporales como la mutilación e incrustaciones dentales o la deformación del cráneo (Sala 4). Tras el proceso de vida, todos los seres humanos enfrentamos la muerte, y entre los mayas existieron ideas específicas al respecto. Los gobernantes de las grandes ciudades, como Calakmul, eran sepultados con acompañantes y ricas ofrendas de materiales diversos, incluidas máscaras de jadeíta y vasijas de varios colores (Sala 5).
Para los mayas de ayer, el universo estaba ordenado de manera cuatripartita, con deidades, colores, aves y árboles específicos para cada rumbo. Existían historias de creación, de batallas y sacrificios convertidas en leyendas, de las cuales hoy poco sabemos, pero que eventualmente plasmaron en piezas como la vasija de Becán y su tapa hermosamente decorada con una iguana y el trance de un guerrero muerto (Sala 6).
Los conocimientos científicos, la escritura jeroglífica y los varios calendarios y asociaciones astronómicas son legados de una civilización que podemos entender de mejor manera con los objetos y explicaciones ofrecidos en la sala siguiente.
En la Sala 8, el museo nos habla de una tecnología sencilla, pero eficiente, del ingenio y el esfuerzo físico desarrollado por mujeres y hombres en la vida cotidiana. Recuérdese que no contaron con animales de carga y tiro, tampoco usaron la rueda con propósitos prácticos. Según su jerarquía social, los habitantes de los asentamientos prehispánicos tuvieron acceso a distintos bienes y servicios. En la base de la pirámide social, se hallaban esclavos, agricultores, pescadores y cazadores. Otro nivel era el de los artesanos de la madera, la piedra o las conchas marinas; los funcionarios menores, los albañiles o los canteros. Los sacerdotes, los ayudantes de la corte y los parientes próximos al gobernante ocupaban el estrato siguiente (Sala 9).
Las relaciones de las grandes entidades políticas algunas veces fueron para el apoyo mutuo, como el matrimonio de nobles, o para el intercambio de productos. Sin embargo, en otras ocasiones hubo enfrentamientos bélicos para someter al contrario y exigir tributo en productos y mano de obra. La presencia de los grandes señores era exaltada en grandes monolitos, como la estela 21 de Edzná (Sala 10).
