Yaxchilán es uno de los sitios arqueológicos de la cultura maya más importantes del Clásico Tardío (600-800). Destaca especialmente por la riqueza de más de 130 monumentos con inscripciones en estelas, dinteles, altares y escalones, en las cuales se narra la historia de la dinastía que inició en el siglo IV y se prolongó hasta los años 800. Estas expresiones artísticas retratan las vidas de los gobernantes y escenas de conquista, batalla y autosacrificios.

El sitio se encuentra claramente conformado en función al río que lo bordea. La concentración de edificios y áreas cívico-religiosas se extiende de oeste a este sobre una amplia nivelación que conforman dos importantes plazas. Los habitantes de Yaxchilán aprovecharon la topografía natural del terreno para construir la gran mayoría de los conjuntos arquitectónicos, entre los que destacan la Gran Acrópolis, la Acrópolis Sur y la Acrópolis Oeste.

La Gran Acrópolis se ubica en el centro de la zona y concentra numerosas construcciones alrededor de dos plazas. El conjunto arquitectónico integrado por el Edificio 19 —también conocido como el “Laberinto”— y los edificios 18, 77, 78 y 75, articulados en la llamada Plataforma Oeste, constituye el límite poniente. En la primera sección se encuentran el juego de pelota y el temazcal, entre otros. En la segunda se observa otro conjunto integrado por cinco estructuras, una de los cuales se puede considerar como Palacio. La tercera sección comprende cuatro edificaciones, dos de los cuales contienen las subestructuras más tempranas del sitio. En la Plataforma Sur de la Gran Plaza se levantan más de seis construcciones, y una gran escalera que conduce a los edificios 25, 26 y 33.

En cuanto a la Acrópolis Sur, está situada en la colina del extremo sur del sitio y la conforman tres edificios (39, 40 y 41), mientras que la Acrópolis Oeste, conocida igualmente como la Pequeña Acrópolis, posee dos plazas y 13 estructuras y está emplazada en el extremo poniente del sitio, sobre una colina natural elevada de 50 m de altura respecto al nivel de la plaza de la Gran Acrópolis.

Es posible que hubiera referencias sobre Yaxchilán desde el siglo XVIII, pero no fue sino hasta 1882, cuando Alfred P. Maudslay y Désiré Charnay arribaron al sitio, que se dio a conocer al mundo occidental. Durante 1895, 1897 y 1900 Teobert Maler realizó tres viajes a la zona arqueológica y estableció la nomenclatura de los edificios y monumentos, la cual se emplea hasta el día de hoy; además, asignó al sitio el nombre por el que lo conocemos actualmente.

Entre los años de 1914 y 1931 se realizaron varias expediciones e investigaciones por parte de Sylvanus G. Morley. En 1931 nuevamente Morley, acompañado por Karl Ruppert y John S. Bolles, miembros de la expedición de Carnegie Institution of Washington, realizaron investigaciones (el plano topográfico elaborado por Bolles está todavía vigente). El Proyecto Yaxchilán inició en 1973 y estuvo a cargo del arqueólogo Roberto García Moll, del INAH; para 1985 se habían excavado y consolidado 30 edificios alrededor de la Gran Acrópolis, más tres en la Acrópolis Sur. Entre 1989 y 1991 se excavó la Pequeña Acrópolis (o Acrópolis Oeste) y se consolidaron 13 edificios con sus basamentos.

También se ha realizado el estudio epigráfico de las inscripciones. De acuerdo con éste, la historia comenzaría en el siglo IV, cuando aparecen los registros vinculados a la secuencia dinástica de gobernantes. Los monumentos que registran los primeros 10 gobernantes del sitio se construyeron en la época de Pájaro Jaguar IV y no se puede omitir la posibilidad de que sea una historia “oficial” o “fabricada” para legitimarlos.

La dedicación de monumentos se suspendió de 537 hasta 669 en Yaxchilán y otros sitios mayas. La fecha real histórica más temprana de este sitio aparece en la estela 27, data de 514 y se refiere al decimoprimero gobernante, Pájaro Jaguar III. Lo sucedieron Escudo Jaguar I, Pájaro Jaguar IV, Escudo Jaguar II y Mah k'ina Cráneo III, cuyas vidas y hazañas militares quedaron grabadas en piedra.

Una cosa más sobre Yaxchilán. La coexistencia del patrimonio cultural con el medio ambiente de la selva tropical ofrece una peculiar armonía. De hecho, Yaxchilán es de las pocas zonas arqueológicas que han sido declaradas monumento natural y cultural.