Huexotla es el nombre con el que se consigna en diversos documentos prehispánicos y coloniales el asentamiento que se ubicaba al oriente del Lago de Texcoco, concretamente al piedemonte de la Sierra del Quetzaltepec —2270 a 2590 metros sobre el nivel del mar— y que ocupó hasta 374 hectáreas en sus tiempos de auge. Los documentos históricos relatan el arribo de diversos grupos a la región oriente del Lago de Texcoco, la conformación de poblaciones como Coatlinchán y, posteriormente, Huexotla y Texcoco, así como alianzas políticas a través de matrimonios o confrontaciones.

Entre los pasajes históricos de Huexotla destaca que en 1418 Ixtlixóchitl el Viejo tomó juramento como Señor de Texcoco, siendo su hijo Nezahualcóyotl el heredero. Esto tuvo lugar en una ceremonia improvisada y presidida por Tlacatzin, Señor de Huexotla, con la presencia de Opanteuhtli, Señor de Coatlinchán. No se cumplió el protocolo para el arribo al poder a causa de la intención de Tezozómoc, Señor de Azcapotzalco, de apoderase del control de la región oriente del lago; incluso envió a sus ejércitos a dar muerte a Ixtlilxóchitl. Fue entonces cuando Tezozómoc asumió el control de Coahuatlinchán, otorgando el territorio de Huexotla a Tlacatéotl, gobernante de Tlatelolco, y la ciudad de Texcoco a Chimalpopoca, Señor de Tenochtitlan.

Con la muerte de Tezozómoc en 1426, y aprovechando los conflictos por la sucesión al gobierno de Azcapotzalco, Nezahualcóyotl retornó a su lugar de origen. En alianza con ciudades que se oponían al dominio tepaneca, derrotó a estos grupos y, junto con sus aliados, reorganizó la vida política. Para ello, renovó la poderosa alianza del gobierno de tres ciudades, la llamada excan tlahtoloyan (“se gobierna en tres partes” o “el lugar de gobierno de tres partes”), comúnmente conocida como Triple Alianza y conformada en 1427 por las ciudades de Tenochtitlan, Texcoco y Tlacopan. Netzahualcóyotl recuperó el dominio del Acolhuacan, reconociendo al Señor de Huexotla como uno de los seis de mayor rango que participaban en los órganos de justicia y gobierno.

Al consumarse la Conquista, Huexotla siguió siendo señorío y parte de la encomienda asignada tempranamente a Cortés, al igual que Chiahutla, Tezayuca y Coatlinchan. En 1524 se fundó el convento franciscano en Huexotla. El virrey Antonio de Mendoza otorgó en 1543 la licencia para la construcción del convento franciscano de San Luis D’Anjou, obispo de Tolosa. Fray Jerónimo de Mendieta escribió en este recinto, concluido en 1585, parte de su Historia eclesiástica indiana.

Con respecto a los monumentos arqueológicos, las primeras noticias sobre su exploración se deben a Leopoldo Batres, quien en 1904 publicó Exploraciones en Huexotla, Texcoco y el Gavilán, luego de hacer los levantamientos arquitectónicos correspondientes. Hacia la segunda mitad del siglo XX se realizaron recorridos, trabajos de conservación, exploración, registro y protección, definiéndose el primer polígono de protección de la zona arqueológica. Además, se investigaron y protegieron los conjuntos arquitectónicos que llevan el nombre del solar en el que se encontraban. Los restos que aún se conservan se localizan en el centro de San Luis Huexotla, entre los ríos Chapingo y San Bernardino, así como al sur de este río.