Alcanzada la paz y celebradas las elecciones correspondientes, el 25 de diciembre de 1867, Benito Juárez protestó nuevamente como presidente. Desde sus oficinas en Palacio Nacional, Juárez promovió leyes de gran trascendencia para el país, como la que reglamentó el juicio de amparo, los Códigos Civil y de Procedimientos Penales, y la Ley Orgánica de Instrucción Pública en el Distrito Federal, que otorgó relevancia a la instrucción popular y dio vida a la Escuela Nacional Preparatoria.

Asimismo, correspondió a Juárez inaugurar, el 16 de septiembre de 1869, el tramo del ferrocarril México-Veracruz que unía la capital con la ciudad de Puebla. Nuevamente reelecto para el período 1871-1875, Juárez se topó con la resistencia del general Porfirio Díaz, quien se levantó en armas enarbolando el Plan de la Noria y la consigna de la “no reelección”. Díaz sufrió una severa derrota en Icamole, muy cerca de la ciudad de Monterrey, por lo que fue a refugiarse en Estados Unidos. Su causa recobraría fuerza al morir Benito Juárez el 18 de julio de 1872, mientras se desempeñaba como presidente de la República. El despacho de Juárez se puede visitar en el Recinto a Juárez del Palacio Nacional.