Una de las características de recintos como este Coro es la sillería tallada en madera que en muchos casos, como en el Colegio de Guadalupe, se construían magníficos trabajos de ebanistería y policromía. La sillería está compuesta por dos niveles, la sillería menor que tiene veintiséis sitiales y elaborada durante la primera etapa de este conjunto arquitectónico conventual en el siglo XVII; cada asiento está decorado con pintura en oro y con ornamentación vegetal. Por otra parte se encuentra la sillería mayor, treinta y seis asientos, realizada en el siglo XVIII y que cuenta con respaldos ricamente adornados con devociones, símbolos marianos y los escudos de las órdenes religiosas de san Francisco y santo Domingo. Rematan cada una de las sillas, veinte imágenes en total, talladas y policromadas de santos fundadores de órdenes religiosas y de santos de devoción franciscana.