La construcción de la planta alta del claustro se ha fechado entre 1750 y 1774. En este piso se encontraban las aulas, el antecoro, la celda del guardián y la celda del campanero, aunque el uso de 105 espacios fue cambiando a lo largo de 105 años, conservándose únicamente la celda del campanero. Al igual que en la planta baja, la arcada estuvo originalmente abierta y los muros que actualmente han tapiado los arcos fueron levantados en la época en que el edificio se abrió al público como museo (1917), probablemente respondiendo a la inquietud de poder contar con mayores espacios para la exhibición de pinturas.

Una serie de 29 cuadros narra una secuencia muy completa de la Pasión de Jesús, desde su entrada a Jerusalén en el Domingo de Ramos, hasta su entierro.