El acervo del museo está integrado por mobiliario y objetos de los siglos XIX y XX, que ambientan los espacios arquitectónicos de este inmueble histórico, con el objetivo de que el visitante los relacione y se imagine cómo pudieron verse en la época en que Juárez habitó la casa.

La colección tiene objetos de madera, metal, piel, papel, así como algunas pinturas en óleo y acuarela con temas religiosos, retratos y pasajes históricos. De igual manera, se cuenta con una colección de grabados del Taller de la Gráfica Popular, que ilustra los hechos históricos de la vida política del Benemérito.