El acervo museístico comprende desde los instrumentos de la vida cotidiana hasta las manifestaciones de culto y artísticas, para un total de más de 600 objetos elaborados en materiales diversos (cerámica, concha, hueso, textil, madera, rocas de diverso tipo, etcétera), además de contar con algunas ambientaciones. El eje discursivo abarca diversos aspectos de la ciudad y la sociedad: económicos, sociales, políticos, tecnológicos y religiosos, los cuales se exponen en ocho salas.