Exhibe una relevante colección prehispánica de las culturas de Mesoamérica, del Altiplano y de la Huasteca; otras que tratan temas históricos como el Acta de Fundación de la ciudad de San Luis Potosí  y la Cocina Virreinal; también se exhiben obras de arte de los siglos XVI al XX como se puede observar en la Pinacoteca y la Capilla de Aranzazú.