El Museo cuenta con una reducida colección de pintura que data de los siglos XVII y XVIII, de la cual resaltan las obras de artistas novohispanos como Juan Correa o Luis Berrueco. Así también se resguardan objetos litúrgicos de los siglos XIX y XX, entre los que destacan vestimenta y otros textiles que forman parte de la liturgia de la Iglesia Católica.