Está conformada por 125 piezas de los siglos XVI y XVII, como óleos sobre tela con motivos religiosos, textiles y tallas de madera, mismos que se exhiben en el anterrefectorio, el refectorio, las salas capitulares y demás espacios en los que hay ambientaciones de la época virreinal.

En el claustro grande, la capilla abierta o de indios y el refectorio, se aprecian pinturas murales del siglo XVI, como el Juicio Final y Santa Catalina de Alejandría, realizados en 1560 por un autor desconocido.