El Museo de Sitio fue montado por la Dirección de Museos del INAH, a cargo de la Mtra. Patricia Real, en noviembre y diciembre de 2009, para presentar materiales arqueológicos que aproximaran a los visitantes a las regiones más investigadas. Este museo sería el primero en la costa oaxaqueña, y aunque el Municipio de Tututepec (asiento del poder de los Ñu Savi o mixtecos, representado por el Señor 8 Venado, Garra de Jaguar) cuenta con un museo comunitario, el de Copalita contiene materiales arqueológicos recuperados en el mismo municipio, como muestra de asentamientos prehispánicos locales.

Conforme se vaya restaurando lo recuperado en las seis temporadas de campo y laboratorio en el Sitio Arqueológico de Bocana del Río en Copalita, se irán integrando al acervo del museo, y ya ahora se exhibe una muestra representativa de los materiales del margen poniente del Río Copalita, compuesta de figurillas con una antigüedad de 2,500 años, una piedra grabada procedente del Juego de Pelota y que representa las denominadas hachas moneda, y machacadores para fabricar papel, hachas de piedra, lo mismo que pesas para red de pescar de barro y piedra, un punzón percutor de piedra y fragmentos de cerámica polícroma usados en años muy cercanos y al momento de la Conquista. Todo lo anterior enmarcado en una arquitectura que, a través de las paredes de cristal del museo, tiene como fondo la vegetación de la selva baja caducifolia, con una gama de colores verdes en la que los objetos arqueológicos se manifestaron por lo menos durante 2,000 años hasta el momento de la Conquista.

El Museo de Sitio de Copalita presenta piezas de cerámica, obsidiana, jade, sílex y piedras con grabados que muestran la escritura e iconografía mixteca prehispánica, su ideología religiosa, económica y social. La colección comprende urnas que representan a sacerdotes con sus adornos rituales mezclados con imágenes de los dioses que regían su vida religiosa, vasijas con efigies y en forma de garras de animales, una escultura en barro de un hombre viejo, e instrumentos musicales, todo modelado en arcilla. Hay también objetos de piedra verde, cuchillos de sílex y cuentas de piedra, un yugo de piedra asociado a los jugadores de pelota y una réplica de un cráneo encontrado en Monte Albán cubierto con mosaicos de turquesa. De la Mixteca de Oaxaca se pueden admirar vasijas de cerámica polícroma con pintura al estilo de los códices de esta región, que abarcó desde la parte sur de lo que ahora es el estado de Puebla hasta el Río Copalita, Huatulco, en Oaxaca, todo bajo el gobierno del Señor 8 Venado, Garra de Jaguar, del cual, dentro del mismo Museo de Sitio, aparecen, en forma de vitrales, las imágenes en escenas extraídas del códice Nuttall, donde se narra la vida de este personaje que en el año 1100 de nuestra era pedía tributo al pueblo de Copalitlan (Copalita) por ser un sujeto de su señorío.