El museo ocupa una parte de un inmueble contemporáneo, con una fuerte influencia del estilo art decó, construido entre los años 1925 a 1926, para funcionar como presidencia municipal de Tapachula. El área que ocupa el museo, dentro del inmueble, era la que estaba destinada para la penitenciaría. Ofrece una muestra de los aspectos de la historia prehispánica de la región. Se muestran monolitos y estelas del sitio arqueológico de Izapa. Los primeros pobladores o Mokayas (época de los grupos cazadores-recolectores), los Olmecas. Soconusco fue conquistado por los Olmecas hace más de dos mil años, y a ellos se deben las grandes ciudades cuyas señales aparecen en lo que hoy son zonas arqueológicas. Izapa, importante centro cívico y religioso, construido alrededor del 1500 a.C. Los mexicas logran conquistar la costa de Chiapas y con ello quedan sujetos a tributo los pueblos del Soconusco, controlando además las rutas de comercio a Centroamérica.