El Museo de Sitio de Chichén Itzá forma parte de un parador turístico que fue proyectado y construido por el arquitecto Teodoro González de León en 1985, el cual se inauguró en marzo de 1987. Durante la construcción del inmueble, arqueólogos al servicio del Instituto Nacional de Antropología e Historia realizaron un salvamento en el cual registraron antiguos espacios habitacionales.

Durante dos décadas, contuvo diversas piezas arqueológicas provenientes de las exploraciones que por más de un siglo han sido efectuadas en Chichén Itzá. El acervo de ese antiguo Museo de Sitio se distribuyó entre otros repositorios de Mérida, la Ciudad de México y otros lugares. Algunas piezas del acervo también se encuentran en condición de préstamo en exposiciones nacionales e internacionales.

Actualmente, el museo contiene fotografías de la zona arqueológica, con explicaciones para preparar la visita: la historia del sitio, las características de sus monumentos y las labores de rescate. En el recinto también se llevan a cabo exposiciones temporales sobre arqueología maya.