En el Museo de Sitio de Cantona el visitante apreciará el resultado de 20 años de investigación arqueológica, la cual ha dado pie a la teorización acerca de la vida cotidiana y la cosmovisión de la sociedad que construyó y habitó la ciudad.

La selección de piezas, recuperadas en las diversas temporadas de excavación, consta de restos óseos de animales de la región y foráneos que sirvieron como alimento y, en algunos casos, como ofrenda; elementos arquitectónicos que decoraron algunos de los edificios de la ciudad; diversos implementos usados en la vida cotidiana y ritual, como puntas de proyectil, cuchillos y navajas; piedras de molienda, grandes ollas para almacenar granos y agua, ollas y patojos con muestras de haber sido empleados en la cocción de alimentos, así como herramientas utilizadas en la preparación de la fibra de ixtle. El visitante también tendrá oportunidad de ver instrumentos musicales, ornamentos de piedra verde y concha, y restos óseos humanos encontrados en contexto funerario.

Después de que la zona arqueológica abriera al público (1994), quedó pendiente la construcción de un museo de sitio, pues aún no se contaba con el acervo necesario para tal efecto. Se tenía conocimiento de la existencia de una colección de objetos extraídos de Cantona que estaba en la población de Tepeyahualco, bajo la custodia de la familia de Juventino Limón, quien muchos años antes de la llegada del Instituto había hecho por su cuenta trabajos de excavación. El resultado fue una “colección” que exhibía en la sala de su casa, a pesar de no tener un registro debidamente inventariado por el INAH. El proyecto arqueológico del sitio decidió no solicitar tal colección y dejar para más adelante el levantamiento del museo.

Cada año, desde la apertura de la zona, el proyecto de investigación a cargo de un equipo de especialistas dirigido por el arqueólogo Ángel García Cook, ha continuado trabajando en temporadas de campo y, a través del tiempo, se han rescatado infinidad de piezas de diferentes materiales, entre otros cerámica, piedra y obsidiana, así como restos óseos.

Como resultado, en 2002 se discutió de nuevo la necesidad de que la zona arqueológica contara con un museo y, paralelamente, se planteó que Cantona debería disponer ya de la infraestructura básica para operar el sitio de manera adecuada (carretera, energía eléctrica, agua, protección del sitio, delimitación de la unidad de servicios y bodega para almacenamiento de materiales, entre otros). El objetivo final era la edificación del museo de sitio.

La obra arquitectónica consta de dos edificios de una sola planta separados por un corredor, que corresponden al área administrativa y la sala de exposición.