El Museo Fray Bernardino de Sahagún, ex Convento de San Francisco en Tepeapulco, se fundó en 1959. En este antiguo edificio, fundado por los primeros evangelizadores franciscanos en 1528, llegó a habitar, a estudiar y a escribir el fundador de la antropología del continente americano, Fray Bernardino de Sahagún; después de aprender un perfecto náhuatl, se dio a interrogar a gran cantidad de informantes del Valle de México, de los que recabó información suficiente para su importantísima Historia general de las cosas de la Nueva España. En especial, en Tepeapulco redactó la porción de su obra conocida como Primeros memoriales.

El primer guardián del convento fue fray Andrés de Olmos. La construcción, como en tantos otros casos, empleó numerosa mano de obra indígena. Al cenobio se añade un templo y la Capilla de Jesús Nazareno. En varios de los muros del edificio se conservan notables pinturas al fresco de tema religioso.

Cuatro salas despliegan explicaciones y muestran objetos del mundo prehispánico y la historia virreinal de la comarca. La primera es de exposiciones temporales. La Sala 2 se refiere a Mesoamérica en el horizonte Preclásico, con objetos de barro influidos por las culturas Tlatilco y Copilco, y también en el Clásico, con objetos de la cultura teotihuacana de la zona arqueológica del mirador de Xihuingo. La Sala 3 muestra una excavación arqueológica con parte del sistema hidráulico de los frailes en el siglo XVI; contiene también pinturas al óleo, como una de San Francisco de Asís y otra de La Buena Muerte de San Agustín; esta misma sala se refiere al Posclásico, con objetos de cerámica mexica y material pétreo, como un disco solar de Tonatiuh. La Sala 4 se dedica al horizonte Preclásico, y señala la importancia que tuvo la religión entre los mexicas, con representaciones de Tláloc, dios de la lluvia, Chicomecóatl, diosa del maíz, y Xiuhtecutli, dios del año; muestra también un monolito de Nahui Ollin, “Cuatro movimiento”, uno de los símbolos del sol, presente en el calendario mexica.