El museo muestra más de 80 piezas arqueológicas en exhibición, las cuales son resultado de más de 20 años de investigación en el sitio. Entre las piezas que se muestran, destacan esculturas monumentales en piedra y barro, así como vasijas, figurillas y lítica. Asimismo, se presentan ejemplos de cerámica local y de importación, lo cual señala las rutas de comercio e intercambios que se daban desde los Valles Centrales de Oaxaca al Altiplano, y del Golfo de México a la región Puebla-Tlaxcala.

Destacan también figuras de barro denominadas xantiles, que son especialmente representativas de la región y que muestran a diferentes dioses en posición sedente y con los brazos cruzados: Xipe Tótec, Xochiquétzal, Xochipilli y Quetzalcóatl, con aplicaciones de pintura que se ha conservado hasta nuestros días. Asimismo, se muestran grandes esculturas de basalto con una técnica muy depurada, que permite admirar los detalles de las vestimentas de los dioses y características muy claras de la calidad escultórica de la región.

El museo es un espacio que, mediante una rica colección de piezas arqueológicas y elementos audiovisuales, revela al visitante la  antigua urbe de la cultura nguiwa o popoloca. En el museo se aprecian planos y animaciones 3D que explican la planeación arquitectónica y el simbolismo religioso de la ciudad.