Durante 1815 Morelos fue acosado y perseguido por los realistas. No obstante, dicha problemática no impidió que custodiara al Congreso que él mismo había convocado, cuando tuvo que trasladarse, desde el poblado michoacano de Apatzingán, hasta Tehuacán, en Puebla. Si bien Morelos consiguió su propósito, al pasar por Tezmalaca, en el actual estado de Guerrero, fue capturado por los realistas y llevado a la ciudad de México. Ahí lo juzgaron en el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, lo hallaron culpable y lo despojaron de su calidad sacerdotal. Posteriormente, los inquisidores lo entregaron al brazo civil de la justicia, que lo condenó a muerte. Fue fusilado el 22 de diciembre de 1815 en San Cristóbal Ecatepec.

Morelos fue el gran estratega militar de la Independencia y el impulsor de la primera declaración de independencia y de la primera constitución política de México. Aún llama la atención que, siendo mulato, haya superado los obstáculos de una sociedad que valoraba, sobremanera, el origen racial de las personas, y que haya logrado ingresar al seminario y convertirse en párroco. En reconocimiento a su legado, en 1823 fue declarado Benemérito de la Patria y su ciudad natal -Valladolid- fue rebautizada como Morelia en 1828. En 1869 se constituyó el estado de Morelos, donde ocurrió el sitio de Cuautla.