La Mística Ciudad de Dios es descrita por san Juan Evangelista en el último libro del Nuevo Testamento, el Apocalipsis. Después de la lucha entre el bien y el mal, cuando el dragón es vencido por san Miguel y sus huestes celestiales, acontece la nueva creación de Jerusalén. San Juan describe una visión triunfante, en la que ve a Jerusalén como la morada de Dios entre los hombres, donde sólo los que tuvieron una vida de fe, merecerán un lugar en la santa ciudad. Villalpando pintó esta alegoría en la que plasma a san Juan Evangelista con sus atributos y a sor María de Jesús de Ágreda (1602-1665), quien redactó la Mística ciudad de Dios. Ambos, a partir de sus visiones, escribieron sobre la Virgen María; por tanto, los dos personajes portan una pluma y un libro como símbolos de su labor. Probablemente, el artista tomó como fuente de inspiración la estampa que sirve como portada del libro Mística Ciudad de Dios, publicado en 1670.