La temática de la sala Querétaro en la Historia Mexicana parte del siglo XVIII con la promulgación de las Reformas Borbónicas y su impacto en la Nueva España al introducir, entre otros cambios, nuevos paradigmas de un sistema liberal que lograra una mayor obtención de riqueza por parte de España hacia sus colonias. En consecuencia, a partir de 1810 y hasta 1821, se gestó el movimiento de independencia en la Nueva España con el cual, se buscó la consolidación de una nueva identidad y sobre todo, una nación.

Esta sala termina en los sucesos de la guerra entre México y Estados Unidos (1846-48) cuyo resultado fue la pérdida de una inmensa cantidad de territorio mexicano, siendo este acontecimiento uno de los de mayor relevancia en la historia del país.