Como parte de la ruta dominica, el Museo del Ex Convento de Santo Domingo Yanhuitlán resguarda piezas de amplia riqueza cultural e histórica en la región de la Mixteca Alta de Oaxaca. El acervo que posee da testimonio del proceso de evangelización y colonización como parte de la transición cultural en el México del siglo XVI.

El Templo es considerado una joya de la arquitectura virreinal por su majestuosidad, belleza y valor histórico, forma parte de los monumentos que están catalogados como patrimonio de la nación. El conjunto es parte del estilo barroco, preserva retablos de magnífica hechura, objetos de índole religioso y un órgano monumental recientemente restaurado.

La importancia de la colección que tiene el Museo es de incumbencia tanto para la comunidad, la región, el estado y el país, ya que conserva referentes que dan testimonio del sincretismo entre la cultura mixteca prehispánica y la cultura europea. Un ejemplo de esta mezcla es el facsímil del códice Yanhuitlán.

Data de 1550 y sobresale por los elementos que son representados en sus páginas. Aunque el códice está compuesto en la actualidad por fojas que han sobrevivido de manera fragmentaria, la labor de investigación ha propiciado que se contextualice y destaque su valor tanto documental e histórico, como estético y simbólico. En su contenido nos muestra un panorama de las relaciones geográficas y políticas, de y los recursos naturales explotados al momento de su elaboración; es así que se destaca a la Mixteca como un área de transición entre el sur y el Valle de México, por donde transitaban rutas importantes de comercio, actividad que aún persiste en la región.

Un dato relevante es que en este documento se observan las relaciones cartográficas con un estilo pictórico descriptivo, utilizando elementos mixtecos que son glifos calendáricos y deidades relacionadas con veintenas tributarias del calendario ritual, es decir que funcionó como un índice de productos tributados, lo que nos permite percibir la riqueza natural y la gran actividad mercantil de la época. En sus páginas también contemplamos personajes del clero, nobles indígenas, acuerdos entre caciques, formas de retórica clásica europea y construcciones prehispánicas.