Para mostrar la actividad ritual al interior de la gruta, Balamcanché se ha agrupado de la siguiente manera:
Grupo I. Es el más importante de la cueva. Se trata de una cámara de aproximadamente 20 m de diámetro y 10 m de altura. Justo al centro se unió una estalactita con una estalagmita, formando una columna que une el piso con la bóveda. Esta formación geológica semeja el tronco, las ramas y las raíces de una ceiba (yaaxché). Para los mayas, este árbol sagrado simbolizaba el axis mundi y sintetizaba la visión tripartita del cosmos. El árbol hunde sus raíces en los nueve niveles del inframundo, en tanto que el grueso tronco se encuentra en un espacio terrenal y la copa se comunica con los 13 niveles celestes. Por ello, en este espacio de la gruta fue donde se depositó la mayor cantidad de ofrendas, entre las que se distinguen incensarios bicónicos (formados por dos conos) con representaciones de Chaac, dios de la lluvia y de las aguas, así como incensarios de piedra caliza, metates en miniatura y una variedad de pequeñas vasijas. Además, en la columna central se encontraron las impresiones de dos manos en color rojo ocre. A ellas se suman las halladas en el techo del túnel que conduce al Grupo II; estas marcas sugieren la posible realización de ritos de iniciación en la gruta.
Asimismo, el nombre de Balamcanché (trono o asiento del jaguar) deriva de esta cámara. Ello obedece a que de algunas estalactitas escurren gotas de agua que han creado pequeñas cavidades en el piso, a las cuales los mayas comparaban con los lugares donde se posan los jaguares al interior de las cuevas.
Grupo II. Se localiza a la entrada de una cámara, donde hay una serie de columnas formadas por la unión de estalactitas y estalagmitas. En este espacio se depositaron 19 incensarios bicónicos decorados con botones y con representaciones de Chaac o Tláloc, junto con algunas vasijas de barro y pequeños metates de piedra caliza. Dentro de los incensarios se encontraron restos de cenizas, una hacha de piedra caliza y pequeñas cuentas de hueso, concha y jade.
Grupo III. Consta de una cámara con un depósito de agua cristalina, donde se pueden observar pequeños peces y langostinos. Es muy probable que se le considerara agua virgen (zuhuy há); de ahí que en este lugar se depositaran 15 incensarios, 232 metates pequeños, 17 platos, 25 malacates, una jarra pequeña y algunas vasijas. Entre estas últimas destaca una con la representación de una cabeza de jaguar en su parte superior. La gran cantidad de metates pequeños y su asociación con este cuerpo de agua sugieren que aquí se buscaba propiciar la fertilidad de la tierra.
Grupos IV, V y VI. Estos grupos son de difícil acceso, por lo que no están abiertos a la visita pública. En los tres se depositó la misma clase de ofrendas, si bien en menores proporciones.
