Plaza A
Se localiza en la parte más alta de Atzompa. Su patio central posee una planta cuadrada (mide más 50 m por lado) y está nivelada de manera artificial. Los edificios que la delimitan (1, 2, 3 y 4) están orientados hacia los cuatro puntos cardinales. En la parte central se encuentra el adoratorio, una construcción ritual-ceremonial similar a los descubiertos en la plaza principal y el patio hundido de Monte Albán. Este adoratorio, también de planta cuadrada, tiene 13 m por lado y 1 m de altura, en medio es posible observar una subestructura en forma de cruz, probablemente una tumba inconclusa.
Edificio 1
Se localiza al norte de la Plaza A y consiste en una gran plataforma con una longitud este-oeste de 90 m y sur-norte de 60 m aproximadamente; su altura es de 11 m respecto al nivel de la plaza. Sobre esta base se desplanta una estructura en forma de L, en cuya cima se identifican un templo en el centro y diferentes elevaciones de otras estructuras arquitectónicas.
Edificio 2
Plataforma de planta rectangular ubicada al este, de 30 m de largo por 6 m de ancho aproximadamente, que tal vez fue el acceso directo hacia la Plaza. Cuenta con escalinatas en las fachadas este y oeste, y en la cima hay una gran plataforma en la que no se encontró ningún elemento arquitectónico, sólo restos de muros cajón.