La Ciudadela deriva su nombre de ser un espacio delimitado por una albarrada y posteriormente por una gran muralla. Al ingresar por su acceso sur se observa una calzada que conduce hasta la plaza, la cual está delimitada por tres plataformas y un gran salón en su costado noroeste. Al centro se encuentra un altar de grandes dimensiones compuesto de tres cuerpos. Sobre la plataforma noreste se encuentra un basamento piramidal. En la parte noroeste se levantó un gran salón, en donde se localizaron restos de madera correspondientes a puntales que sostenían la techumbre. El salón es similar al Salón de Columnas del primer nivel con la distinción de que se sustituyeron las columnas de mampostería por los puntales de madera. También son once columnas y en el acceso están otras dos que sostenían un dintel; al frente del salón existía un pórtico.

Hay una gran Muralla de 605 metros de longitud, con una altura de 4.5 metros en promedio y 3.75 metros de ancho. Se le ha considerado como un elemento arquitectónico de carácter defensivo.