La Casa Amurallada fue construida en el Periodo Medio y ha sufrido varias modificaciones en distintas épocas.

Es un área de patios y cuartos que llegó a tener varios pisos, quizá hasta cuatro o cinco. En algunas paredes se puede apreciar las huellas de los tapancos y pisos. A la estructura más alta, parecida a un obelisco, se le identifica como "El pilarón", aunque en realidad se trata de la esquina de un edificio de varios pisos que, por razones desconocidas, resultó más resistente que los demás. En los muros sureños de la Casa de las Columnas los detalles de construcción están muy claros: los muros se fabricaron rellenando una estructura de madera con tierra húmeda que luego se apisonaba; esta técnica es parecida a la de cemento colado o vaciado actual. Cabe destacar que este adobe no llevaba paja, es decir, aunque lo llamemos "adobe" no tiene forma de tabique ni algún tipo de catalizador.

La Casa de las Guacamayas fue probablemente la residencia de aquellos individuos descritos por el padre Sahagún como "mercaderes de plumas”, gremio que en Paquimé se dedicó a la crianza de guacamayas. Se localiza en un lugar central de la ciudad y sus entradas principales están directamente ligadas con la Plaza Central. En este pequeño complejo de apartamentos, de un solo piso de altura, se encuentran aún los nichos o cajones en los que estos animales eran criados, así como otras instalaciones para su manejo.

Las evidencias arqueológicas en la Casa de los Muertos (Unidad 12) sugieren que sus habitantes fueron curanderos, ya que ejecutaban rituales relativos a la muerte. Los cuartos contenían una gran cantidad de enterramientos, tanto individuales como múltiples, los cuales estaban asociados a ofrendas (como los tambores de cerámica y otros objetos); así como objetos relacionados con ceremonias en las que se empleaban las guacamayas.

La Casa de los Cráneos (Unidad 6) fue llamada así por el hallazgo de un móvil elaborado con cráneos humanos en uno de sus cuartos. Se considera que estuvo formado por 198 habitaciones por lo que pudieron habitar el lugar alrededor de 500 personas.