Uno de los descubrimientos más sobresalientes en el sitio de La Nopalera es su arquitectura funeraria. Los trabajos de excavación permitieron encontrar una serie de enterramientos que son clave para entender la ocupación de La Nopalera. El llamado Patio de las Tumbas está localizado en el extremo suroeste del patio hundido. Aquí, se excavaron alrededor de siete tumbas construidas a partir de bloques de cantera trabajada y recubiertas con grandes lajas que sirvieron de techumbre. Al menos seis tumbas correspondían a individuos sepultados de forma individual que estaban acompañados de una suntuosa ofrenda cerámica y artefactos como metates, piezas de obsidiana negra, objetos de concha, etc. Inicialmente se pensó que estos entierros eran contemporáneos a Tzintzuntzan; sin embargo, estudios recientes señalan que pertenecen a un periodo previo al señorío tarasco, entre los años 200 y 500. En la parte superior de las sepulturas fueron colocados varios entierros directos es decir sin ninguna construcción especial para colocar los cuerpos acompañados de objetos con una clara filiación tarasca. Esta acción no sólo indica un cambio radical en los patrones funerarios, sino que marca por completo el establecimiento del poder de Tzintzuntzan en la región de Cuitzeo.