Fundado por el antropólogo chileno Bernardo Baytelman Goldenberg en 1976, es resultado de las investigaciones del Proyecto Etnobotánico en el estado de Morelos. Sus propósitos fundamentales son conservar y difundir el conocimiento tradicional que las comunidades tienen sobre el aprovechamiento de las plantas medicinales del estado de Morelos; facilitar la accesibilidad a la información para el aprovechamiento, uso y manejo sustentable de las especies vegetales, y servir de plataforma para realizar diversos estudios científicos taxonómicos, botánicos, etnobotánicos, de horticultura y propagación. Asimismo, una de sus tareas sustantivas ha sido la educación ambiental y la difusión del patrimonio biocultural, por consiguiente, se ha vinculado con la Secretaria de Educación para atender a alumnos de diferente nivel educativo, hasta nivel de posgrado, además de estudiantes de medicinas alternativas. Desde 1985, el Jardín ha sido miembro oficial de la Asociación Mexicana de Jardines Botánicos, A. C., que en 1994 le otorgó el estatus de Colección Nacional de Plantas Medicinales.