Siguiendo la tradición conventual franciscana, el Colegio de Guadalupe contaba con una enfermería para uso de los frailes y novicios, que se componía de 69 celdas y un pequeño oratorio. Su construcción se realizó entre 1726 y 1783, y al igual que la mayoría de los oratorios franciscanos al servicio de la salud, esta capilla había sido dedicada a San Antonio de Padua, por lo que se encuentran dos lienzos de medio punto alusivos a su vida. En las pechinas se observan pinturas con tres de las cuatro apariciones de la Virgen de Guadalupe, ya que fue la protectora del Colegio. En la sala se observan lienzos con escenas y advocaciones de la Virgen María; así también se encuentran antifonarios con cantos dedicados a la madre de Cristo. 

Especial atención merece el marco de la puerta de entrada, decorada con tallos floridos y la figura de Dios Padre al centro de la parte superior, así como con los anagramas de la Virgen María y Jesús.