La antropología física es una de las disciplinas científicas que el INAH tiene por mandato promover, formar profesionales y resguardar el patrimonio cultural vinculado con ella. Los doce cuerpos momificados de El Carmen, las famosas momias, son uno de los acervos más emblemáticos de este museo por su rareza –las únicas expuestas en la Ciudad de México- y antigüedad, que han creado un sentido de pertenencia y recuerdos memorables en nuestras afluencias. La tradición popular cuenta que durante la Revolución mexicana, soldados zapatistas acuartelados en este sitio encontraron accidentalmente a las momias mientras levantaban el piso buscando tesoros escondidos. El descubrimiento de las momias fue un gran suceso en la comunidad, al grado de que cuando un fraile intentó darles sepultura enfrentó una firme oposición de los pobladores que ya las habían adoptado como parte de su comunidad. A partir de 1930 existen postales fotográficas de las momias en la cripta del museo, que como recuerdos turísticos, acercaron nuevos visitantes al recién abierto museo en 1929.