Por su calidad sobresalen las tallas en madera policromada y estofada, técnica europea que fue utilizada desde la llegada de los españoles.

El museo cuenta con obras renacentistas y con relieves que muestran la intervención de artistas novohispanos. Destacan los trabajos barrocos en que resaltan la riqueza de sus estofados, el movimiento de los cuerpos y vestimentas, así como el empleo de ojos de vidrio, lágrimas de cristal y dientes naturales para lograr mayor expresión del rostro.

Mención especial merecen las tallas en marfil, la mayor parte provenientes de Filipinas, razón por la cual los rostros tienen rasgos asiáticos. También hay esculturas de pasta de caña de maíz, técnica de origen prehispánico, en piedra de chiluca y tecalli; barro modelado, plata “pella” y plomo fundido. En los retablos que adornan la iglesia y las capillas, hay magnificas muestras del barroco novohispano del siglo XVIII en las que se aprecian la destreza y calidad de los escultores novohispanos.