Son buen ejemplo del arte pictórico de los tres siglos del virreinato mexicano. La colección abarca casi todas las técnicas de la época: óleo sobre madera, tela y lámina de cobre, así como temple sobre tabla. Además hay murales en algunas dependencias del conjunto arquitectónico del museo. Puede decirse que la colección reúne las firmas más representativas de la pintura novohispana.

Además de la pintura religiosa, el museo exhibe retratos de diversos personajes de la historia de la Nueva España; son muy interesantes los de las religiosas, representadas con sus hábitos y ornamentos floridos.