Ignacio se estableció alrededor de 1527 en Salamanca. En el periodo en el que vivió en esta ciudad, nuevamente se convirtió en sospechoso para la Inquisición y fue encarcelado por su compañero Calixto. La noticia de su arresto se difundió rápidamente por la ciudad, provocando que concurriera un gran número de visitantes a escucharlo hablar de Dios.