Tras la retirada del ejército intervencionista francés y su retorno a Europa, las fuerzas mexicanas leales a Maximiliano, junto con el propio archiduque, decidieron refugiarse en la ciudad de Querétaro, hacia donde se dirigieron en febrero de 1867. De inmediato, el ejército republicano sitió la ciudad, la cual resistió por casi tres meses. El 15 de mayo, en un intento desesperado por romper el sitio, el archiduque intentó salir de Querétaro con sus oficiales y tropa (todos muy abatidos y en pésimas condiciones de resistencia), pero fue nuevamente cercado y neutralizado en el Cerro de las Campanas: un traidor había abierto la entrada a las fuerzas liberales, que ocuparon muy rápido la ciudad. Finalmente Maximiliano se entregó al general Mariano Escobedo, y junto con él fueron aprehendidos los generales Miguel Miramón y Tomás Mejía, capturas que dieron fin, formalmente, a la Guerra de Intervención y al gobierno monárquico.

Condenado a muerte por un tribunal militar, Maximiliano enfrentó valientemente al pelotón de fusilamiento -junto con Miramón y Mejía-, y expresó el deseo de que su sangre fuera la última que se derramara en México. Esto ocurrió el 19 de junio de 1867.