A partir de este lienzo el pintor mezcla escenas que narran momentos importantes de la vida del santo y,  pasajes que corresponden a sus milagros. El papa Gregorio IX, designado sumo pontífice en 1227, había sido protector de los franciscanos cuando fungía como cardenal y tenía dudas respecto a la llaga que en un costado mostraba  san Francisco. Una noche el santo se le apareció en sueños,  mostrándole la herida y pidiéndole una copa para verter en ella la sangre que le brotaba. Convencido del milagro, el papa escribió una bula (documento pontificio donde se expresa una orden), atestiguando el milagro de las llagas. Gregorio IX canonizó a san Francisco de Asís en 1228.

Obsérvese la mesa al lado de la cama, en donde se encuentra un reloj y una botella llamada redoma.