El guion curatorial refiere al centro ceremonial de El Cerrito en donde están perfectamente delimitadas plazas, altares y una pirámide, construida en 13 niveles con cuerpos de talud, de aproximadamente 1.80 a 2.00 metros cada uno, para alcanzar los 30 metros. El museo incrementa la posibilidad de entender, disfrutar, interpretar y asumir la fuerza histórica y espiritual que tiene este sitio. La historia del sitio arqueológico se narra a través de cuatro secciones museográficas en las que se exhiben alrededor de 170 piezas, la mayoría de ellas recuperadas durante los trabajos de exploración en el lugar, como resultado del proyecto de investigación arqueológica. A dichos acervos se sumaron dos colecciones particulares que fueron entregadas al INAH para su custodia y objetos que pertenecen al Museo Regional de Querétaro. 

Entre las piezas destaca una estela con la imagen de la diosa Itzpapálotl (mariposa alas de obsidiana), deidad que veneraron los toltecas en El Cerrito. La pieza es relevante porque la diosa aparece en varios códices, pero sólo se han encontrado tres piezas arqueológicas con su imagen: una en el sitio de Tula, Hidalgo; otra en Tenango del Aire, Estado de México, y la de El Cerrito. Durante años de exploraciones se han descubierto diversas evidencias de la diosa Itzpapálotl en El Cerrito, lo que hace claro que la deidad central del sitio fue ella. 

El discurso museográfico parte de la concepción tolteca del origen mítico que los define como un pueblo civilizado, que sabe de dónde viene y por qué los acompaña su diosa Itzpapálotl. Para recrear el mito, la museografía rescata una imagen del Mapa de Cuauhtinchan II. El segundo aspecto museográfico se centra en la arquitectura desde el punto de vista de la construcción del espacio sagrado: detalla cómo se construye un centro ceremonial, los materiales arquitectónicos, pigmentos y algo esencial para los toltecas: la escultura. En esta parte se muestra una maqueta que reconstruye hipotéticamente cómo pudo haber sido el sitio prehispánico en su momento de esplendor. El tercer segmento museográfico aborda la consagración del espacio, se refiere a la tradición tolteca de ofrendar a todas sus construcciones. Cada vez que comenzaban la edificación de algún elemento arquitectónico le colocaban oblaciones: sahumadores, figurillas y conchas. En El Cerrito se hallaron dos ofrendas de este tipo, una de ellas se colocó a la vista del público en el nuevo museo. El cuarto bloque del museo se refiere a las ofrendas cotidianas: una vez que el sitio estuvo en funciones como centro ceremonial debió utilizarse para llevar a cabo ceremonias colectivas e individuales en las que los participantes, procedentes de diversas regiones de Mesoamérica, llegaban con ofrendas para depositarlas en el sitio. En algún momento El Cerrito se convirtió en un gran santuario por donde peregrinaba gente de todo Mesoamérica, como lo evidencian diversos materiales como malacates decorados con chapopote que vienen de la Huasteca, conchas del Pacífico, una figurilla de los Altos de Jalisco, una vasija de la frontera de México con Guatemala, hachas de piedra, ollas, cuentas de concha y de piedra.

Para el museo se hizo una serie de planos que hablan de las rutas sagradas y de intercambio por donde circularon ideas en toda la región. Esa tradición de peregrinaje permaneció aún después de la llegada de los franciscanos, cuando los pueblos otomíes continuaban colocando ofrendas “paganas”, llevaron entonces a la Virgen del Pueblito, una de las principales imágenes marianas del periodo novohispano, a la que después le construyeron su santuario en la población cercana de San Francisco Galileo.