A la llegada de los españoles, el gobierno estuvo a cargo de Hernán Cortés, quien lo ejerció como capitán general y justicia mayor. Más tarde la corona española pretendió administrar Nueva España mediante el nombramiento de dos audiencias sucesivas, hasta que finalmente el 17 de abril de 1535 don Antonio de Mendoza tomó posesión como primer virrey. La institución virreinal se formó sobre la base de una jerarquía que centralizaba el poder en el rey. Éste se auxiliaba del Consejo de Indias, que desde España actuaba en los ámbitos legal y judicial. En la Nueva España, el virrey representaba directamente al monarca. Además, tenía los cargos de jefe supremo de la administración, capitán general y gobernador del Reino, presidente de la Audiencia, vicepatrono de la Iglesia y superintendente de la Real Hacienda. Al lado del virrey se organizó la Real Audiencia, institución encargada principalmente de funciones judiciales, aunque también se desempeñaba como cuerpo consultivo del primero y lo sustituía en ciertos casos. La Audiencia llegó a tener una autoridad tan poderosa como el mismo virrey, ya que podía revisar y determinar los actos de gobierno. En Guadalajara también hubo una Audiencia, mientras que los otros reinos y provincias en que se dividía el virreinato estaban regidos por gobernadores que dependían del virrey. Bajo su autoridad se encontraban los alcaldes mayores y los corregidores y, en la base política de pueblos y pequeñas ciudades, los cabildos se encargaban del gobierno local.