La segunda parte de la sala de Querétaro en la Historia Mexicana muestra los diversos procesos y grandes contrastes del país, en donde el estado de Querétaro fue un protagonista durante conflictos, guerras civiles y dictaduras. Asimismo, da cuenta del afán de modernización y construcción de una nación.

La sala comienza con la Guerra de Reforma de 1857-1861 donde liberales y conservadores pelearon por el control del país, pasando por la Intervención Francesa y la llegada de Maximiliano de Habsburgo hasta el periodo conocido como el Porfiriato, la Revolución mexicana y su desenlace con la firma de la Constitución de 1917, dando así cuenta, del constante y vigente afán de modernización y construcción de la nación mexicana.