En la historia prehispánica, el territorio de Querétaro se inscribe en una región conocida como Centro-Norte de México, la cual fue ocupada por diversos grupos: otomíes, nahuas, tarascos, pames y jonaces, entre otros.

En esta sala el visitante conocerá la relación de intercambio, organización y política de los grupos que se asentaron en el territorio queretano en este periodo. Destaca la formación de los primeros asentamientos agrícolas a orillas del río San Juan, los pueblos que ocuparon el valle de Querétaro y que recibieron el impacto y la presencia del Estado teotihuacano; más tarde se ve la clara influencia tolteca en la zona arqueológica El Cerrito. En la Sierra Gorda, se destacan rasgos culturales propios que son representativos de las zonas arqueológicas de Ranas, Toluquilla y San Rafael. En esta área sobresale como actividad principal la minería, de donde se extraía el cinabrio que era utilizado en ceremonias rituales.