Cuando los españoles llegaron a Paquimé, ésta había sido abandonada hacía tiempo. La historia Norte difiere de la Sur. Las misiones fueron la forma de conquista ideológica, “la espada y la cruz” representan la penetración colonial, periodo marcado por las constantes rebeliones indígenas de pueblos que no fueron sometidos sino exterminados. En una pequeña sala de video se brinda una síntesis de la historia regional, desde el Virreinato hasta el siglo XX.

Hay una maqueta de la misión de San Antonio de Padua, cerca de Casas Grandes, y un mapa antiguo que ilustra las rutas tempranas y asentamientos, además de la exposición de objetos de época, como las armas. En el panel central se presenta un conjunto de piezas históricas del norte, especialmente herramientas para la minería, ganadería y agricultura.

Desde el vestíbulo se accede al Patio Central, por donde se llega a la segunda planta compuesta por terrazas, un gran mirador hacia el entorno natural de Casas Grandes y una vista magnífica de Paquimé. Al bajar por la rampa da comienzo el recorrido por la Zona Arqueológica.