Las reformas borbónicas, que buscaban concentrar en la Corona el control de la riqueza, no sólo afectaron las actividades económicas laicas, sino también las del clero, del cual la Compañía de Jesús representaba particularmente un grave peligro.

Los jesuitas acumulaban grandes riquezas: desde propiedades rurales hasta el importante Fondo Piadoso de las Californias, que era utilizado para el mantenimiento de las misiones del norte.

En el siglo XVIII, a causa de las reformas borbónicas, el clero regular formado por las órdenes de frailes dejó definitivamente las parroquias y volvió a su vida de encierro y evangelización en los pueblos indígenas. Esto se logró gracias a la alianza entre las autoridades virreinales, la Corona y el clero secular, que compartían intereses. Cabe recordar que las ideas de la Ilustración proponían reformar la Iglesia para hacerla más eficiente y concordante con los intereses de la Corona, la cual buscaba centralizar su poder y control en todos los aspectos.