En la sala Historia de Jalisco II se exhibe de forma permanente una serie de objetos que describen el desarrollo histórico de la región durante el siglo XIX y la primera mitad del siglo XX, de los cuales destacan documentos, pinturas y fotografías.

La vida independiente del Estado de Jalisco, la Guerra de Reforma, el Porfiriato y la Revolución forman parte de este periodo. Jalisco fue escenario importante en cada uno de esos momentos; asimismo, ahí fue en donde prácticamente se decidió el destino liberal del país. Esta etapa tambien se caracterizó por la consolidación de la nación y la aplicación estricta de sus leyes, así como por sus constantes crisis políticas y por el florecimiento de las artes y la ciencia. Se distinguió, además, por el fortalecimiento de la educación.