El museo cuenta con una única sala que ocupa una superficie rectangular de casi 270 metros cuadrados en un espacio rodeado por la selva baja caducifólia característica de este espacio natural. Entre las piezas destacan esculturas y urnas de barro de los valles centrales, una jamba de una tumba del valle de Etla y vasijas policromadas de la mixteca. Todas las piezas son originales excepto la reproducción de un cráneo decorado con mosaico de turquesa procedente del Entierro 7 de Monte Albán.

En un futuro próximo se modificará la museografía para que los visitantes admiren piezas obtenidas por las exploraciones realizadas desde 1989 en la zona arqueológica de Bocana del Río Copalita.