La segunda sala del museo se enfoca a conocer las diferentes formas en que los mayas enterraban a sus difuntos de acuerdo a su rango social. Un tipo de entierro eran las urnas funerarias, donde se colocaban los cuerpos de personajes importantes de la ciudad. El museo expone varios ejemplos de éstas. Al cierre del recorrido arqueológico se colocaron fotografías históricas del descubrimiento y las exploraciones que se han hecho excavando diferentes edificios para conocer cómo era su población y la forma en que ésta logró sobrevivir varios siglos en un medio geográfico tan extremo.

Los visitantes del museo encontrarán al final del recorrido vasijas, instrumentos musicales y máscaras de madera pertenecientes a la comunidad indígena yokot’an. Orgullosa heredera de una lengua ancestral y ciertas costumbres que recuerdan lo que debió suceder en Comalcalco hace más de mil doscientos años.